Im LGB wurde eine Prüfstelle für die Analytik im gesetzlich geregelten Umweltbereich eingerichtet. Im Jahre 2008 erfolgte die Auditierung des Qualitätsmanagementsystems (QMS) im Referat Labor durch den "Länderverbund zur Kompetenzfeststellung und Notifizierung von Prüflaboratorien und Messstellen im gesetzlich geregelten Umweltbereich". Durch Folgeaudits wurde und wird regelmäßig die Kompetenz des Labors extern überprüft.

Sowohl das Managementsystem als auch Bereiche der chemischen und physikalischen Bodenanalytik im Rahmen der Fachmodule Abfall, Teilbereiche 1.2, 2.2, 5.1, 5.2, 5.3 und Boden/Altlasten, Teilbereiche 1.a, 1.b und 1.c sind damit auch von unabhängiger Stelle überprüft und anerkannt.

Mit dem QMS sind die Anforderungen der Norm DIN EN ISO 17025 verwirklicht.

Die Wirksamkeit des Managementsystems wird ständig überprüft und verbessert durch:

• Qualitätsplan
• interne und externe Auditierungen
• Ringanalysen
• Datenanalysen (Regelkarten und Verfahrenskenndaten)
• Korrektur- und Vorbeugemaßnahmen
• Verbesserungsvorschlagswesen 
• Managementbewertungen
• Schulung der Mitarbeiter/innen